Mặc dù LAB đã được liên kết với các lợi thế sức khỏe tiềm năng, họ cũng chịu trách nhiệm về kết quả tiêu cực. Chúng là những sinh vật chính liên quan đến sự hư hỏng của các sản phẩm cà chua. Các loài trong chi Lactobacillus đã được xác định là sinh vật gây bệnh. Nghiên cứu đã được thực hiện để quan sát các thành phần hóa học của nước ép cà chua kích thích sự phát triển của vi khuẩn chịu trách nhiệm cho sự hư hỏng. Những vi khuẩn này có thể chống lại nhiệt độ cao. Một chủng Lactobacillus fermentum được chiết xuất từ nước ép cà chua cô đặc. Trong khi đó, tám hỗn hợp nước ép cà chua khác nhau được đun nóng và tỷ lệ sống của Lactobacillus fermentum được đo. Người ta đã kết luận rằng pectin là thành phần chính của nước ép cà chua giúp bảo vệ các tế bào vi khuẩn chống lại sự phá hủy khi đun nóng. Sự phân hủy pectin từ hoạt động của enzyme sẽ làm cho các tế bào vi khuẩn dễ bị nóng hơn. Tuy nhiên, người ta đã tìm thấy trong nghiên cứu trước đây rằng sưởi ấm đã làm bất hoạt enzyme pectolytic tự nhiên và do đó Lactobacillus fermentum vẫn chịu nhiệt. Khả năng chịu nhiệt cũng đã được tìm thấy tương quan với môi trường nuôi cấy vi khuẩn, môi trường được sử dụng càng tốt sẽ dẫn đến khả năng chịu nhiệt cao hơn.[14]